Nuikonlahden valuma-alue on 17 km² ja lahteen laskee useiden kyläyhteisöjen ojia. Valuma-alue koostuu pääosin kallioisesta metsämaasta ja peltoalueista (29 %). Metsä- ja peltoalueiden lisäksi valuma-alueella on yhteensä viisi järveä: Leikkistenjärvi, Leiklahdenjärvi, Ylttistenjärvi, Paskaperänjärvi ja Vilujärvi. Valuma-alueella ei ole asutuskeskuksia — asutus koostuu harvahkosta haja-asutuksesta sekä paikoin tiheähköstä vapaa-ajan asutuksesta. Etenkin Nuikonlahden ranta-alueella on paikoin erittäin runsaasti vapaa-ajan asutusta.
