Nuikonlahti on matala ja rehevä merenlahti, joka sijaitsee Naantalin Otavan saarella. Lahti aukeaa Airiston vesialueelle Otavan saaren itäpuolella Ruokorauman välityksellä. 

Runsaan ulkoisen kuormituksen seurauksena Nuikonlahden rehevyystaso on kohonnut, ja etenkin viime vuosien aikana lahti on kärsinyt voimakkaista sinileväkukinnoista. Lisäksi lisääntynyt vesikasvillisuuden määrä on omalta osaltaan heikentänyt lahden virkistyskäytöllistä arvoa.

Heikentyneen tilan seurauksena Nuikonlahdelle perustettiin vesiensuojeluyhdistys, jonka tavoitteena on parantaa Nuikonlahden vedenlaatua ja virkistyskäyttöarvoa. Lisäksi vesiensuojeluyhdistyksen tavoitteena on parantaa Nuikonlahden valuma-alueella sijaitsevien järvien tilaa. 

Nuikonlahden vesiensuojeluyhdistys ja Varsinais-Suomen elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus tekivät yhteistyössä päätöksen vesiensuojelutoimenpidesuunnitelman laatimisesta. 

ELY-keskuksen toimesta Nuikonlahden valuma-alueen vesiensuojelutoimenpiteiden ja luonnon monimuotoisuuden edistämisen yleissuunnitelma annettiin Turun ammattikorkeakoulun toteutettavaksi tilaustyönä syyskuussa 2012.  

Turun AMK:n Eemeli Huhdan ja Juha Niemen toimesta tehty ”Nuikonlahti-Rymättylä Valuma-alueen vesiensuojelutoimenpidesuunnitelmaehdotus” esiteltiin yleisölle tammikuussa 2013 Naantalin kaupungin valtuustosalissa. Ehdotus piti sisällään erilaisia vesistöön kohdistuvia parannusehdotuksia ja käytännön toimia.

Kuvassa on RUokorauman syvyydet ennen ruoppaamista. Nyt sähkölinjan kohdan matalikko on syvennetty, jotta veden vaihtuvuus olisi suurempaa.